そろそろピン配置を考えないといけないのですが、そもそもどんなピンがあるのかというの確認せねばならない
ArduinoMicroはピンが34あり、うち入出力が20ピン
ただし一部のピンは他の機能と兼用している?みたいなので、機能の拡張性やらを考えるならそういったピンは避けないといけない...
というわけで、とりあえずピン一覧と機能をまとめます

画像はSwitchScienceより
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ただの数字はデジタル入出力
Aが付いてるのはアナログ入力
(PWM)が付いてるのはPWM出力可

他は
MOSI, MISO, SS, SCK:マイコン同士を繋ぐSPI通信用のピン
TX, RX:シリアル通信用のピン
SCL, SDA:I2C通信用のピン
AREF:アナログ入力の基準電圧を指定するピン

こんなところでしょうか。
通常の入出力と被ってるのが少しあるので、そこは避けておいたほうが吉ですかね

一方使う予定のピンが
・ステッピングモータ制御
デジタル*2(方向指定)
PWM*2(周波数指定)

・サーボモータ制御
PWM*3

・カラーセンサ
デジタル*2(モード指定)
デジタル*2(センサ入力)

・フォトリフレクタ
アナログ*5

・ジャイロセンサ
アナログ*2

ここまでで
デジタル*4
アナログ*7
PWM*5
という具合
まぁどうにかなりそうですね。

あとはマイクロスイッチと測距モジュールなどを適宜追加する形になると思います。